フィコエリスリンは、低塩条件で(αβ)で遊離するI型と、リンカーポリペプチドであるγサブユニットを結合した(αβ)γを遊離するII型に分かれる.後者(II型フィコエリスリン、PEIIともいう)を構成するαサブユニットをコードするmpeA、βサブユニットをコードするmpeB、γサブユニットをコードするmpeCがよく知られている.このうち、MpeAやMpeBには、色素としてフィコエリスロビリンだけでなく、さらに短波長の光を吸収できるフィコウロビリンを結合するものが多い.MpeCはリンカーポリペプチドであるが、色素を結合する.